Le matin, l’enseignement se concentre sur les matières de Kodech dans tous les domaines du judaïsme. Les divers cours sont dispensés par une équipe de Rabbanim, d’enseignants et enseignantes renommés. Les cours sont d’un niveau approfondi et comprennent des études poussées sur le Tanakh (Bible) les ouvrages de Halakha (Loi juive) et de Moussar (morale), ainsi que des écrits des Richonim et des A’haronim. De même, des examens sont régulièrement organisés pour tester les connaissances des élèves sur le Tanakh et la Halakha.

Les études de Kodech au Séminaire Ofakim constituent le cœur de l’activité d’apprentissage et d’éducation. L’exclusivité du séminaire s’exprime à travers sa focalisation sur les cours de Torah qui constituent le  but principal de l’enseignement dispensé aux élèves.

Dans le cadre des cours formels ainsi qu’en-dehors de ce cadre, par des conversations individuelles, en groupes de discussion ou au cours de Chabbats organisés à l’internat, les élèves peuvent discuter et clarifier, avec l’aide des membres de l’équipe pédagogique, des sujets concrets  d’ Hachkafa  (Pensée juive).